基于高通量测序的都匀地区福鼎大白种茶树根茎叶分析

分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2020-01-12 合作期刊: 《广西植物》

王芬  裴会敏  文狄  陈志  刘荣  姚玉仙  马媛

摘要： 茶树富含儿茶素、茶氨酸和咖啡碱等多种具有广泛保健功能的植物代谢产物，为探究茶树中茶多酚等产物代谢途径的相关基因，本研究以贵州都匀地区福鼎大白种茶树的根、茎、叶为研究对象，利用高通量测序技术构建茶的转录组数据库并筛选其根、茎、叶差异表达基因。共获得70.88 Gb Clean Data，各样品Clean Data均达到6.33 Gb，Q30碱基百分比在93.22%以上。将Clean Reads与中国种茶树参考基因组进行序列比对，比对效率从87.83%到91.14%。基于比对结果，进行可变剪接预测分析和基因结构优化分析，发掘新基因13 531个，其中10 244个得到功能注释。利用FPKM进行基因表达量分析，根据基因在不同样品中表达量识别差异表达基因。叶与茎的差异基因有5 595个，其中2 769个在茎中上调，2 826下调，叶和根有9 650个差异基因，5 056个上调，4 594个下调，茎和根中有5 644个差异基因，2 938个上调，2 706个下调，并通过GO和KEGG分析，将差异基因进行功能注释和富集分析。研究结果为揭示都匀地区福鼎大白种茶参与类黄酮、茶氨酸和咖啡碱等代谢途径相关的基因提供参考，为选育优良品种等提供理论依据。

 点击量 1644  下载量 807  评论